Aquatische macrofauna refereert aan in het water levende kleine dieren, zoals slakken, libellen- en muggenlarven en kokerjuffers. Zij vormen de belangrijkste voedselbron voor dieren als vissen en kikkers. De samenstelling van de macrofauna zegt iets over hoe schoon het water is. Zo is een grote hoeveelheid kokerjuffers en haftenlarven een indicatie voor schoon water. In archeologisch onderzoek wordt niet standaard naar deze organismen gekeken, omdat zij niet of nauwelijks aanwezig zijn in nederzettingen. Desalniettemin kan de aquatische macrofauna zeer waardevolle informatie geven bij archeologische projecten waarbij het landschap een belangrijke rol in het onderzoek speelt, bijvoorbeeld met betrekking tot de aan- of afwezigheid van vroegere waterlopen.