De analyse van macrobotanische resten, een specialisatie binnen archeobotanisch onderzoek, omvat alle met het blote oog zichtbare delen van planten zoals zaden, vruchten, bladeren en hout. Plantenresten als stengels, wortels en vooral de zaden kunnen, mits onder gunstige condities bewaard gebleven, na honderden en zelfs duizenden jaren nog worden gedetermineerd. Op verschillende manieren kunnen plantenresten in de bodem bewaard zijn gebleven: verkoold, in het grondwater, uitgedroogd of gemineraliseerd. Soms zijn er speciale conserveringsomstandigheden, bijvoorbeeld in zout of permafrost. Het kan ook zijn dat er alleen een afdruk bewaard is gebleven, zoals in de nog natte klei van aardewerken potten. In het laatste geval is van de plant zelf niets bewaard gebleven maar kan toch de plantensoort achterhaald worden door van de holtes afgietsels te maken. De analyse van macrobotanische resten kan in archeologische contexten vragen beantwoorden over zaken als landgebruik, voedingspatronen door opslag van goederen in bijvoorbeeld spiekers in de ijzertijd of beerputten in steden, het gebruik van bepaalde ruimtes in woningen bijvoorbeeld als stal of keuken.